高雄市旗山地區涵蓋了旗山、美濃、內門、杉林、甲仙、六龜等河洛、客家鄉鎮及三民、桃源、茂林等山地村落等共九區，約十五萬人口，多元族群、人文薈萃，形成特有的社區型態。旗山醫院位扼旗山地區的交通要衝，歷來車水馬龍，成為當地居民、鄰近駐軍、學子和旅客健康的最佳守護者，是為旗山地區惟一的公立醫院、惟一具備精神醫療的醫院，也是高雄市心理衛生防治網、糖尿病共同照護網、緊急醫療網、感染症防治網…等責任醫院。
旗山醫院創立於民國三十八年十一月，當時鑒於旗山地處偏遠，鄰近醫療資源極為缺乏，為便利居民就醫，在前高雄縣長黃劍棻等人的倡議下，設立本院的前身－「高雄縣立旗山醫院」。民國四十六年七月，改制為「臺灣省立高雄醫院旗山分院」。五十年九月，升格為「臺灣省立旗山醫院」；八十八年七月，改隸行政院衛生署，民國102年7月23日改制為衛生福利部旗山醫院。